O alergii pokarmowej mówimy, gdy jej objawy wskazują na nieprawidłowości układu immunologicznego. Na ten typ alergii mogą chorować nawet niemowlaki, co spowodowane jest m.in. mniejszą ilością wydzielanego soku żołądkowego, gorszą odpornością. Niekiedy powodem mogą być zbyt wczesne włączenie do jadłospisu dziecka produktów, które mogą wywoływać uczulenie. Ponadto, jeśli karmiąca matka nie odżywia się w sposób prawidłowy, również może przyczynić się do powstania choroby u dziecka.
Do najbardziej alergizujących produktów spożywczych zalicza się mleko krowie, jaja, soja, czasem także owoce i warzywa. W miarę ukształtowania się układu immunologicznego u dziecka, niekiedy alergia pokarmowa może samoistnie i całkowicie ustąpić.
Objawy alergii pokarmowej mogą dotyczyć zarówno jednego narządu, jak i większej liczby. Przewód pokarmowy, w przypadku kontaktu z alergenem, może reagować natychmiastowo, w postaci np. bólów brzucha, biegunki czy wymiotom. Niekiedy objawy te są opóźnione. Wówczas u chorego można wykryć refluks żołądkowo-jelitowy. O alergii pokarmowej może także świadczyć niewspółmierny przyrost masy ciała. Czasem objawy alergii pokarmowej dotyczą także skóry. Wtedy pojawia się wysypka, świąd czy pokrzywka.